“草”，指中草药的三种名称，自然生态的世间百草、被赋予医药价值与人文精神的本草、被用以救死扶伤的药草。全园使用超过500余种中草药植物，以百草、本草、药草之间的递进关系为主要脉络对其进行设计分区，作为串接全园的主要线索，展示中华本草的形象与气质。“百草园”园名由99岁的国医大师颜正华亲题，电视剧《老中医》中的孟河医派的代表医家。

百草园制高点，“百草芊山”，下面种植的是板蓝根、报春花、平贝母等已经栽植完成。整个展览的会期将有五次更换中草药种植的品种，每次将更换6—8种，所以每个月“百草芊山”展现的面貌都是不同的。

为了让中医药文化浅显易懂,百草园的名方药苑就通过种植本草和埋标本的方法,向游人展示了藿香正气水、六味地黄丸、八珍汤等八剂老百姓耳熟能详的著名方剂。之前大家可能看到都是一些药品，现在在名方药苑就可以看到活生生的植物组成的药方。

在药草成材区，有一个中药故事园的浮雕墙，在这个浮雕墙上可以看到神农尝百草的故事，皇帝内经的中医药典注一些特节选的片段。以凹形空间结合挡土墙展示的五禽戏、八段锦等功法分解图，全部真人大小，游客可以走进凹形空间模拟功法动作，有趣又好玩。

从空间和时间的两个维度上，都进行了一个精细的筛选，从空间上有温室区、山坡、沙漠、廊架，为这些中草药提供了一个适合生长的环境。这些中草药植物，所需的土壤大多都是弱酸性的，每一种的配比也是不尽相同，土地的分割和选择上也不同。另外，还有专门的中草药管理团队和专家，在中草药的养护和种植上给出很多重要的意见。